有人主张仍称国子监，认为国子监是古制，改名大学堂，未免太新，不晓得是什麽，且也没有格调。
也有人主张称太学，取汉唐旧名，更有正统意味。
还有人主张称金陵国学，突出新朝定都之地。
赵怀安最後定为「京师大学堂」。
他说：
「国子监、太学之名都好，但旧味太重。」
「朕不是嫌旧，而是不愿天下人一听这名字，便以为又是只读经义、只养官员子弟的地方。」
「大学堂者，集天下大学问於一堂。」
「儒学是大学问，算学也是大学问；史学是大学问，医药、水利、营建、航海、兵学，同样是大学问。」
「既然如此，就叫大学堂。」
这个名字一定，後面的争论便有了方向。
第二个争论，是大学堂到底该归谁管。
国子监旧臣自然希望归国子监；礼部则认为学校制度归礼部，大学堂也该由礼部掌握；十二院又认为各实科课程必须由本院主导，否则教出来的人不堪用。
最後赵怀安定下制度。
金陵大学堂设祭酒一人，总领学务；设监院一人，掌纪律、财用、校舍；设诸科博士、助教、教习。
行政上归礼部学政司统辖，学术上与十二院互通，儒学部分承太学之统。
简言之，谁都能管一点，谁也不能独占。
这就是赵怀安的办法。
作为日後大明绝对的人才产出地，是绝不能让一个衙门把最高学府变成自家地盘的。
随後便是课程，而这就是最核心的部分。
金陵大学堂的课程分为通识课与专业课，学业为四年。
其中通识课就是包括了经义、律令、算学、体课，这是所有学士都必须学习，进一步深造的。
这也说明，大明要求的最高人才要是个通才，不能一开始就钻窄门。
因为说到底，这里面大部分人实际上都是要流向中枢和各地作为主官的，对於这些人来说，通比专更重要，反而是只懂一片，危害大了。
而除了这部分通识课，就是各院的专门课。
学士们在被选拔和考入後，将会按照兴趣和发展进入不同院，而现在院暂时就分成了十科院。
其中最核心的为经义科，掌儒学、经史、礼法、文章，这都是养士望的。
剩下的九科就是政法、算学、格物、农政、水利、
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