后，元廷发现事情好像不一般，连忙升级应对。而在这种关键时候，脱脱却想要给弟弟也先帖木儿刷一点军功，非要让他当主帅。
当然，相比于元末众多抽象人，脱脱虽然也是元朝传统的权臣，但还是有一定能力的。知道弟弟没这个本事，他特意安排了一批比较有能力的官员和将领进行辅佐——其实就是让人家代打，也先帖木儿“坐镇”就行了。为此，他挑选了平章政事巩卜班，把侍卫汉军调拨给他，作为围剿主力。
在元军调度的时间里，刘福通已经攻陷汝宁府，克光州、息州，义军扩张到十万之众。但这支元军毕竟是专门选出的精锐，势头确实很猛，到至元十二年三月，已经先后收复南阳、汝宁、唐、随等路，使得义军方面陷入暂时的低迷期。
然而，发现形势非常有利之后，巩卜班自己先飘了。战争还没完全结束，他就开始半路庆功。数万元军屯驻在汝宁的沙河岸边，巩卜班在这里，每日喝得天昏地暗，甚至长时间不省人事。军队没人管，也涣散起来。
而刘福通恰恰是个抗压能力很强的人，并没有因为之前的挫折气馁，反而依然在冷静观察和谋划。发现这支元军的情况之后，他立刻组织精干手下，趁夜袭击大营，当场将巩卜班斩首，然后全身而退。
比较难绷的是，元军因为过于混乱，士卒都在四处乱跑，居然直到第二天早上，才发现主将莫名其妙死了。全军上下大为惊恐，一口气逃了三百多里，才停了下来……
巩卜班唐突完蛋，也先帖木儿只能自己上。五月，他率领三十万大军，重新进驻沙河一线。然而他本来就不是带兵的料，之前这里发生的袭击，更是让他十分胆怯，于是天天求神问卜。主将如此，部下也没有了军心。后来遇到红巾军突袭，立刻发生了炸营。也先帖木儿什么都没有做，就准备逃跑。他身边，估计有脱脱安排的懂行的军官，连忙拦住他，说几十万士兵的命都在这儿呢。也先帖木儿却反驳说“我的命难道就不是命了么？”然后一溜烟地跑了。最后，只有一万多人，成功逃了回去。
这几支军队都离奇地瓦解之后，中原地区实在没有什么力量能调度了。脱脱强行保下了也先帖木儿，但这种情况，总得有人担起责任，于是他只能自己上阵。
脱脱本人的水平还是在线的。秋天，他率领大军南下，攻破芝麻李部，占领重镇徐州并屠城。此外，还扶持河南、江南行省的地主武装，策动这些积极性很高的人，主动去镇压起义军，使得红巾军再次被压制。
之后，脱脱认
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